VisualStudio2013 + ASP.NET MVC5でWebアプリケーションを開発しています。

<input type=file>を複数並べたWebページを作成し、ユーザーがローカルファイルを複数選択してアップロードできるように設計しました。
しかし、極稀に選択した一部のファイルが登録されない問題が発生しています。
テスト環境で確実に現象を出すことができないため、プログラム的な問題なのかブラウザの問題なのか、またはそれ以外の原因なのか切り分けができていません。

そこで質問なのですが、仮に、オペレーションミスでもプログラムの問題でもなかった場合、Webサーバーにアップロードされてくるべき一部のファイルがファイル単位で無くなってしまうという可能性はありますでしょうか？

＜補足＞
<input type=file>と書きましたが、正確には「Jasny Bootstrap」のコンポーネントを使用しています。
http://www.jasny.net/bootstrap/javascript/#fileinput