GitHub初心者の質問です．

結構著名な組織がGitHubに公開しているツールがあります．antのbuild.xmlとそれから起動される数種類のターゲットに対応するXSLTスタイルシート、および共通のスタイルシートで構成されています．
このツールは（たぶん）２つの目的があり、１つにはXSLTスタイルシートによりメインの変換を行うこと、２つにはそのメインの変換が終わった後、その結果を利用して派生するであろう無数のサブの変換を行うことです．1つ目の変換結果はすでに確定しています．

私はこのリポジトリをfork⇒cloneして上記の２つ目の用途をローカルで試してみました．なのですが、

① そもそもbuild.xmlからして間違いがある．
② メインの変換は（結果が公開されて仕様になっているので）大丈夫だったのでしょうけれどもサブの変換はまともな結果を出してくれない．

という残念な結果になっています．仕事上どうしてもこのツールを使用する必要性があるため、ローカルで修正してテストしていますが、見てゆくとターゲット別のXSLTスタイルシートの側にも単純なコーディングミスやバグ、そして期待した結果を得ることができないコードが見つかりました．

issueを出しているのですが、メンテナーの方も忙しいらしく、そのやりとりだけでは埒が空きません．そこでPull Requestを出そうと考えたのですが、上記のように様々なレベルで修正しなければならない箇所があり、どのようにPull Requestを出したら良いのかがわかりません．

まずPull Requestを出すためのブランチを作る手順は「GitHub実践入門」（WEB+DB PRESS plus 技術評論社）を読んで理解できたつもりです．しかし上記のように修正点が多岐にわたる場合、は具体的にはどのような手順でブランチを作り、Pull Requestを出して行ったら良いのでしょうか？

たぶんスタイルシート以前のbuild.xmlの間違いから直してゆくようPull Requestを出す必要があると思うのですが、それ以降のスタイルシートの様々な箇所にわたる修正は、段階的にでないと解決できないように思えます．このような場合、順を追って１つづPull Requestが取り込まれるのを待ちながら出してゆくべきなのでしょうか？またブランチはPull Requestに一対一対応させないとダメなのでしょうか？

以上 お手数ですが回答の程よろしくお願いします．