.gitの軽量化に関する質問です。
Eclipseのワークスペースをgit管理しています。

git管理を始めた時、.gitignoreを書き忘れていたため、「.metadata」と「.recommenders」のフォルダも管理されてしまいました。このフォルダの中身はソースコードとは直接は関係なく、自動的に生成されるファイルであり、commitするたびに大量の自動生成ファイルも変更があったとして一緒にcommitされてしまいます。
おかげで.gitフォルダのサイズが大きくなってきてしまいました。

.gitフォルダの軽量化のために、.gitignoreを作成し、以下のサイトに従って「.metadata」と「.recommenders」を管理から外し、履歴から削除しました。
https://qiita.com/kaneshin/items/0d19fc1cd86f931dc855
https://developers.eure.jp/tech/alternative-git-history/

また、上記の操作だけではローカルの.gitのサイズが減らないという事で以下のサイトにあるように、次の操作をしました。
http://easyramble.com/git-filter-branch.html
https://help.github.com/articles/removing-sensitive-data-from-a-repository/

$ git for-each-ref --format='delete %(refname)' refs/original | git update-ref --stdin
$ git reflog expire --expire=now --all
$ git gc --prune=now

しかし、結局.gitのサイズが小さくなりませんでした。
上記の操作後も、まだ.gitの中に「.metadata」と「.recommenders」内のファイルが残ってしまっているようです。

USER-MacBook-Air:workspace user$ ./git_find_big.sh
All sizes are in kB's. The pack column is the size of the object, compressed, inside the pack file.
size   pack   SHA                                       location
28036  10111  50646ee98af5fa19a4538a727261cd73304cddeb  .metadata/.plugins/org.eclipse.jdt.core/3352301917.index
7054   2191   630a04c4153d31b0b917a52b6eb24514dcbc0f50  .metadata/.plugins/org.eclipse.jdt.core/1940685342.index
4904   828    ba10aebf34fd60bd0cf5b583a3cd7a26265bf602  .recommenders/index/http___download_eclipse_org_recommenders_models_neon_/_2.fdt
4198   865    ecd13c61f37be37a57f64452e4d89ae7fcac5e59  .metadata/.plugins/org.eclipse.jdt.core/2071773772.index
4021   1243   0b4fb63b024e896069e4297d5828a4853a0e33b0  .metadata/.plugins/com.python.pydev.analysis/python_v1_874innp8uovopkka84p4pwnaw/python.pydevsysteminfo
3941   1218   0b692374a3adaa49fa0744bb5ef7d12c99ed743c  .metadata/.plugins/com.python.pydev.analysis/python_v1_874innp8uovopkka84p4pwnaw/python.pydevsysteminfo
3883   1198   096c00c9afb87e9fc4f8794862e668ef81acee6e  .metadata/.plugins/com.python.pydev.analysis/python_v1_874innp8uovopkka84p4pwnaw/python.pydevsysteminfo
3497   1077   9781c44e0f3721f3b5299dd8a9537e733adc56f5  .metadata/.plugins/com.python.pydev.analysis/python_v1_874innp8uovopkka84p4pwnaw/python.pydevsysteminfo
2878   856    5d4b2620c4d6572690ab4ce341e7d29827f3a302  .metadata/.plugins/com.python.pydev.analysis/python_v1_bm109oo8jsa5gnqmc06ekl12p/python.pydevsysteminfo
2873   855    180f6531173e20a51fcc648e80ecf7133379df62  .metadata/.plugins/com.python.pydev.analysis/python_v1_bm109oo8jsa5gnqmc06ekl12p/python.pydevsysteminfo

どうしたら.gitのサイズを小さくすることができるでしょうか？
皆様の助言お待ちしております。よろしくお願いいたします。

追記:
git_find_big.shは以下のようなスクリプトになっています。

#!/bin/bash
#set -x 

# Shows you the largest objects in your repo's pack file.
# Written for osx.
#
# @see http://stubbisms.wordpress.com/2009/07/10/git-script-to-show-largest-pack-objects-and-trim-your-waist-line/
# @author Antony Stubbs

# set the internal field spereator to line break, so that we can iterate easily over the verify-pack output
IFS=$'\n';

# list all objects including their size, sort by size, take top 10
objects=`git verify-pack -v .git/objects/pack/pack-*.idx | grep -v chain | sort -k3nr | head`

echo "All sizes are in kB's. The pack column is the size of the object, compressed, inside the pack file."

output="size,pack,SHA,location"
for y in $objects
do
    # extract the size in bytes
    size=$((`echo $y | cut -f 5 -d ' '`/1024))
    # extract the compressed size in bytes
    compressedSize=$((`echo $y | cut -f 6 -d ' '`/1024))
    # extract the SHA
    sha=`echo $y | cut -f 1 -d ' '`
    # find the objects location in the repository tree
    other=`git rev-list --all --objects | grep $sha`
    #lineBreak=`echo -e "\n"`
    output="${output}\n${size},${compressedSize},${other}"
done

echo -e $output | column -t -s ', '

さらに追記:
上記の操作を行ったのち、リモートリポジトリから改めてローカルにクローンしてみたところ、クローンしたリポジトリ内の.gitフォルダのサイズは縮小されていました。
上記の操作によってきちんと.metadataと.recommendersの削除は行われていたようです。
クローンした.gitをサイズの小さくならなかった元々の.gitと置き換えることで、とりあえず当初の目的を達成することはできました。

なぜローカルのサイズが小さくならなかったのかは未だに分かりませんが、とりあえずサイズの縮小はできたという報告をしておきます。