現在、ionicで、ネイティブアプリと、WEBアプリを開発しております。
ネイティブアプリと、WEBアプリは、ほぼ同じソースコードを使用しております。
しかし、ファイルの一部分だけ、それぞれ違う処理を書いたりしています。

基本的にソースコードは共有しているが、少しだけ差異が出てくる、ネイティブアプリのコードとWEBアプリのコードを効率よく管理するにはどういう構成がいいでしょうか？

別々にクローンした場合、片方の変更をもう片方にも手修正しないといけないので面倒です。

ネイティブアプリのブランチと、WEBアプリのブランチを作って管理するのかいいでしょうか？
共有する修正部分は、cherry-pickするみたいな感じで。