表題のとおりとなります。

サーバー(origin)から消したはずのブランチが(例えばhoge)が

Amazon Linuxのgitで下記操作をすると

$ git branch -a | grep hoge

remotes/origin/hoge

と出てしまいます。

Macで同様に、

$ git branch -a | grep hoge
した場合は何も表示されません。

ソースツリーでもhogeブランチはoriginから消えていることは確認済みです。

gitのバージョンの違いで挙動が違うとかでしょうか?
Amazon: git version 2.1.0
Mac: git version 2.6.3