管理者不在で放置状態のウェブサーバがあり、しかし現在ちゃんと動いているウェブサーバなのですが、その中身（新ソース）とローカルに保存していた過去のソース（旧ソース）との差分を git を使って見たいと思い、

  1. まずローカルの旧ソースに最初のコミットをかけ
  2. 次にウェブサーバの中身（新ソース）を旧ソースへ上書きダウンロード
  3. 2回めのコミットをかけて差分を見る。

という方法を試みたのですが、中身は全く同じ内容なのに差分表示されてしまい、そのため、全ファイルが「同じ内容ではない」と判定されます。
確かにタイムスタンプは全部違うのですが、中身の差分を見たいときに大変な手間となっています。なにかいい方法がないでしょうか？

当方、コマンド系は苦手なので、tortoise Git を使っています。