gitで差分が出続ける現象に困っています

gitで差分が出続ける現象に悩まされています。git statusすると以下のメッセージが出たので対処しようとしますが、、、

Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)

    modified:   app/hoge.php
    modified:   app/fuga.css

no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")

stashしてもcommitしてもresetしても差分が出続けます。SourceTreeやGitHubのアプリケーションなどのGUIで操作しようとしても出続けます。

同様の現象に遭遇した方おりますでしょうか？

解決策の分かる方いらっしゃいましたらご教示いただけると幸いです。