proja と projb の Maven プロジェクトがあります(Javaのプロジェクトです)。これらは別々の git レポジトリとして管理されています。

これらは、別々に mvn eclipse:eclipse を実行し、Eclipse から Import すれば、EGit により、かってに git repository として判断され、 git 用の諸々の操作が可能になります。

次に、 proja と projb を、 test-git フォルダに入れて、submodule 化します。
つまり、次のような構成にします。

test-git/.git
test-git/proja/.git
test-git/projb/.git

このとき、最初の手順と同じように、projaとprojbのそれぞれで mvn eclipse:eclipse を実行した後に Eclipse に Import しても、 EGit はこれらレポジトリを認識してくれません。

どうやったら、 Import した project を、 git レポジトリであるとして EGit に認識させることができるでしょうか。

NOTE: 問題の再現に submodule 化の必要ではありません。 test-git で git init して、適当にコミットするだけで、レポジトリを認識しない挙動は再現します。