Debina9 + Eclipse3.8_CDTで、C++のコードをデバッグしていますが、#ifdefのところでブレイクして、pins[]の内容を見ると
Multiple errors reported.
と表示され、内容が確認できません。そもそも、配列として認識されていません。
これは何故でしょうか？
GDBならチャンと表示できますし、コンパイルでもエラーは出ません。
少し、長くなってすいませんが

#include <stdio.h>
#include <fstream>
#include <iostream>
#include <sstream>
using namespace std;

#define _DEBUG
#define MAX_COL 8   //最大列数

int main(int argc, char *argv[]){
    if(argc != 2){
        usage(argv[0]);
        return 0;
    }

    fstream fin(argv[1], ios::in);
    if(!fin){
        cout << "ファイルをオープンできません\n";
        return 0;
    }

    int row = 0;
    int col = 0;
    int first_col = 0;

    string::size_type spos = 0;
    string::size_type epos = 0;
    const char delim = '\t';
    string buf;
    //ファイルを一度読込、行列数をカウント、ファイルフォーマットチェック
    while(fin && getline(fin, buf)){ //1行読み込み
        while(epos != string::npos){
            epos = buf.find(delim, spos);
            spos = epos + 1;
            col++;
            if(col > (MAX_COL+1)){      //列数チェック t+8port
                cerr << "Format Error" << endl;
                return 0;
            }
        }
        if(row == 0){first_col = col;}  //最初のカラムを保持
        else{
            if(first_col != col){
                cerr << "Format Error" << endl;
                return 0;
            }
        }
        row++;
        col = 0;
        epos = 0;
    }

    col = first_col;    //col=0で抜けて来たので、first_colに設定する
    int msec[row];      //インターバル、PINデータ配列を作成
    int pins[row][col];
    fin.clear();
    fin.seekp(0, ios_base::beg);

    //改めて本番読みなおし、配列化
    string str;

    for(int i=0; i< row; i++){
        getline(fin, buf);
        for(int j=0; j<= col; j++){ //１行内スプリット９回繰り返し
            epos = buf.find(delim, spos);
            str = buf.substr(spos, epos-spos);
            spos = epos + 1;
            if(j==0){   //先頭列は時間
                float sec;
                istringstream is;
                is.str(str);
                is >> sec;
                msec[i] = (int)(sec * 1000);
            }
            else{   //先頭以外は、シーケンスデータ
                if(str == "1" || str == "1\r"){ //最終列は改行付き
                    pins[i][j-1] = 1;
                }
                else{
                    pins[i][j-1] = 0;
                }
            }
        }
        spos = 0; epos = 0; //スプリットポジション初期化
    }

    fin.close();
    col--; //カラム数を8にpinsの列数に修正

#ifdef _DEBUG
    //配列内容確認用
    for(int i=0; i< row; i++){
        cout << msec[i] << '\t';

        for(int j=0; j<col; j++){
            cout << pins[i][j] << '\t';
        }
        cout << endl;
    }
#endif
            //ここに処理を書く
            gpio_ctl(row, col, msec, (int*)pins);

    return 1;
}

引数のファイルは、こんな感じです

1   1   0   0   0   0   0   0   1

1   0   1   0   0   0   0   1   0

1   0   0   1   0   0   1   0   0

0.5 0   0   0   1   1   0   0   0

0.5 0   0   1   0   0   1   0   0

0.5 0   1   0   0   0   0   1   0