print_test.hpp のインクルード前に #define するかどうかで (例: #define USEMYPRINT)，
print_test.hpp および print_test.cpp 内を，#ifdef ~ #else ~ #endif により分岐させようとしています．

この際に .cpp ファイル内まで，#define で定義した内容が反映されませんでした．
このため，実体が生成されず，LNK 2019 エラーが発生してしまいます．
このような場合は，一般的にどのように解決されているでしょうか？

例えば，Eigen (線形代数演算ライブラリ) の場合，

#define EIGEN_NO_DEBUG              // コード内のassertを無効化．
//#define EIGEN_DONT_PARALLELIZE    // 並列を無効化．
//#define EIGEN_MPL2_ONLY           // LGPLライセンスのコードを使わない．
#include "Eigen/Dense"

のように，インクルード前に #define することで，assert の無効化等を行うことができ，
非常に便利だと感じました．(しかし，私には一見するだけでは，どのように実現しているかわから‌​ず……)

下記にかなり簡略化したサンプルを示します．(この場合，.hpp 内では，#define USEMYPRINT が認識されていますが，.cpp 内では，認識されず，実体が生成できないため，リンクエラーとなります)

よろしくお願いいたします．

環境 win8.1 Microsoft Visual Studio 2015 C++

main.cpp

#include <stdio.h>

#define USEMYPRINT // main.cpp 内でインクルード前に #define で定義されているかどうかにより，print_test.cpp および print_test.hpp で分岐を行いたい．
#include "print_test.hpp"

int main(){
    MyPrintf();
    return 0;
}

print_test.hpp

#pragma onece
#include <stdio.h>

#ifdef USEMYPRINT
void MyPrintf();
#endif//USEMYPRINT

print_test.cpp

#include "print_test.hpp"

#ifdef USEMYPRINT
void MyPrintf(){
    printf("Hello my printf.\n");
}
#endif//USEMYPRINT

(みなさま，ご回答どうもありがとうございます．問題を解決することができました．
また，自分で見直しても質問の意図が分かり難かったため，可能な限り修正いたしました)

具体性が乏しいとご指摘をいただきましたので，修正したサンプルコードを下記に示します．(余り具体性が増していませんが，実体は下記のコードと同じ構成です)
すみません．上記サンプルコードでは，実体を定義するかどうかとなっていますが，実際には，実体を定義するかしないかの制御 (sayuri 様のご回答により，出力されるバイナリに変化はないと分かったため，下記サンプルでは省略)，に加えて，文中で説明しているように，モードの切り替えも行いたい，と考えていました．

main.cpp

#include <stdio.h>

// Debug option
#define MyClass_Mode2
#include "MyClass.hpp"

int main(){
    class MyClass* p_mc = new MyClass();
    p_mc->MyFunction();
    delete p_mc;
    return 0;
}

MyClass.hpp

#pragma onece

#include <stdio.h>

class MyClass{
private:
public:
    MyClass();
    ~MyClass();
    void MyFunction();
};

MyClass.cpp

#include "MyClass.hpp"

void MyClass::MyFunction(){
#ifndef MyClass_Mode2
    printf("Mode1.\n");
#else
    printf("Mode2.\n");
#endif
}