インストーラは一つで、ユーザがインストーラを実行した際、
二つの設定ファイルのパターンのどちらかを選択後、
それぞれ異なる設定ファイルがインストールされるような
仕組みを検討しています。

ノウハウのある方教えて頂きたく、よろしくお願い致します。

開発環境は、以下の通りです。
Visual Studio 2015
Visual Studio 2015 Installer Projects
.NET Framework4.6.2
Windows 10 または Windows Server 2016,2019
アプリは、Webアプリ、クライアントアプリ両方

カスタムインストーラを作成すれば可能でしょうか？
サンプルソースや参考サイト等でも構いません。