掲題の件、プロジェクトの出力ファイル(exe等)ではなく、例えばClickOnceの発行物など任意のファイルをサーバ上の特定のディレクトリに配置するインストーラを作成したいと思っています。

上記の要件の場合、普通のセットアッププロジェクトを作成して、
ファイルを追加していくのが一般的でしょうか?
セットアッププロジェクトにも、いくつか種類があるようで(Cab ProjectやSetup Wizardなど)
どれが適切なのか分かり難かったため、アドバイス等ありましたら
よろしくお願いいたします。