Visual Studio 2013 Expressではセットアッププロジェクトを作れないため、.NET Framework 3.5にダウングレードしてVisual Studio 2008 Pro上での開発に、開発環境をロールバックしました(プロジェクトファイルは手作業で修正)。
本当は.NET Framework 4.5が使えるVisual Studio 2013 Expressを用いたいのですが、Expressではセットアッププロジェクトが作れない上、Crystal Reports等の有料ライセンスライブラリが使えないようなので、仕方なく古い開発環境に戻しています。

VS2008Proでは.msiパッケージを作ることが出来るのですが、.NET 4.5でビルドしたバイナリは環境に含むことができず、仕方ないので面倒なのでコードを.NET 3.5用にコード修正したうえで、VS2008Pro環境に移しました。
ところが、そうしたら今まで正常に動いていたCOM呼び出しが動いているんですが、ちょっと振る舞いが変わってしまいました。
具体的にはここで質問して得た回答をもとに、Windows API Code Pack のソースコードを入手してビルドしたものを使っていたのですが、それも含めてVS2008Pro上でビルドし直したところ、今まで .pdfファイルのサムネイルが正常に表示されていた(ドキュメントの1ページ目の縮小画像)ものが、通常の .pdfファイル用のアイコンになってしまったというのがそれです。

質問がわかりづらくて申し訳ありません。

1..NET Framework 4.5での開発(VS2013Express)でInstall Shieldなどの有料インストーラではなく、無料で使用できる信頼できる.NET依存関係にも対応したインストーラって無いでしょうか？
2.VS2008Pro環境でビルドしたバイナリをインストール出来る優れた無料のインストーラって無いでしょうか？
3.COM関連は.NETバージョンを変えるとおかしくなる可能性が高いでしょうか？

すみませんが、宜しくお願い致します。