タイトルの件、.Net 4.6.2のC#のサービスアプリケーションのインストーラ(msiファイル）をSetupプロジェクトを利用して作成しました。

インストール時、インストールフォルダは作成されますが、アンインストール時インストールフォルダが削除されません。
なお、インストール時とアンインストール時に追加のカスタム動作（.vbsファイルによるスクリプト実行）を設定していますが、カスタム動作を削除すると問題なくフォルダは削除されます。

カスタム動作を設定したことで、
なぜフォルダが削除されないのか考えられる原因はありますでしょうか？