WordPressに使っているローカルのデータベース以外にRDSで接続したいのですが、どの部分のPHPファイルにPDO構文を書くのが適切でしょうか？

デザインテンプレートのindex.phpに書くのはおかしいですよね？
目的としてはプラグインを使わずに、アクセス数やリファラ、コメントなどを実装したいです。
RDSを使って、高速化できるかどうかも調べたいです。