apache2.2系で何度か経験していますが、
ssl.confにSSL関連のVirtualHost設定を入れる際、
IP共通でSNIを利用するとして、

NameVirtualHost 1.1.1.1:443

と記載しておき、

<VirtualHost 1.1.1.1:443>
ServerName aaa.aa
ServerAlias www.aaa.aa
...
</VirtualHost>

<VirtualHost 1.1.1.1:443>
ServerName bbb.bb
ServerAlias www.bbb.bb
...
</VirtualHost>

とした場合、

https://aaa.aa
https://www.aaa.aa
https://bbb.bb

は問題なくサイトが表示されます。
しかし、

https://www.bbb.bb

はbbb.bbではなく、
aaa.aaのサイトが表示されるかと思います。

思うに、SNIの場合、ServerAliasが動作しないのかと思いますが、
これはApache2.2の仕様でしょうか?
それとも何か別のオプションで解決するものでしょうか?

現状、回避策としては、
以下のように2つに分割しています。

<VirtualHost 1.1.1.1:443>
ServerName bbb.bb
...
</VirtualHost>

<VirtualHost 1.1.1.1:443>
ServerName www.bbb.bb
...
</VirtualHost>

この書き方はスマートではないですよね。
SSL更新の際も同じ内容で2箇所書き換えが必要ですし。