順を追って説明します。
日付が変わってもしっかり反映できるように日時をそのまま出勤時間にしています。

B                   C
2017/12/07 11:03    2017/12/08 0:54

こうすればテキストでも日付フォーマットになっているので=C-Bは13:51となります。

Androidアプリ側で日付を入力させるとフォーマットが初期化されてしまい、書式設定ができません。なので時間だけ表記したい場合はBとCを非表示にしてDとEにBとCの時間だけを表示させることにしました。

B                   C                  D                E
2017/12/07 11:03    2017/12/08 0:54    =RIGHT(B3, 5)    =RIGHT(C3, 5)

前述したとおりアプリ側で書式設定はできないので桁数が02:05が2:5となってしまう恐れがあります。 ですのでRIGHT関数ではなく日付を取得するINT関数を使用することになりましたが

D
1899/01/01 11:03

となってしまいました。

AndroidでGoogleSheetsAPIの書式設定のやり方を教えてください。