eclipse+ADTの環境で作成したプロジェクトがあり、そのプロジェクトをAndroid Studioにインポートしてビルドを行うと、「クラスandroid.support.v4.preferencefragment.Rが重複しています」というエラーが発生しており、原因が分からず困っています。

なお、プロジェクトは1年ほど前にeclipse+ADTで開発していたものです。
eclipse+ADTの環境では問題なくビルドが出来て、ビルド後のアプリも正常に動作しています。
1年間ほど開発から離れておりましたが、開発を再開しようとしたところ、eclipse+ADTの環境はもうサポートされていないとのことでしたので、Android Studioに移行しようとしているところです。

eclipse+ADTとAndroid Studioの実行環境は共にWindows上です。
Android Studioは、android-studio-bundle-143.2915827-windows.exe をインストールしました。

当方、問題の起こるプロジェクトとは別に、eclipse+ADTで作成した非常にシンプルなプロジェクトも持っており、そのプロジェクトはAndroid Studioにインポートして、正常にビルド出来ることを確認しています。
ですので、Android Studioのインストールは、正常に行えているものと考えています。

問題の起こるプロジェクトは、古いAndroidにも対応するために、以下のライブラリを使用しています。
android-support-v4
android-support-v7-appcompat
android-support-v4-preferencefragment-master

このプロジェクトをAndroid Studioでビルドすると、「クラスandroid.support.v4.preferencefragment.Rが重複しています」というエラーが出ます。

プロジェクトのファイルは全て

D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\

というフォルダ以下にあるにもかかわらず、エラーが起きているのは

C:\Users\sota\.AndroidStudio2.1\system\compile-server\shihonviewer_905f40b5\targets\java-production\android-support-v4-preferencefragment-master\android\copied_sources\android\support\v4\preferencefragment\R.java

という全く別のフォルダで起きているのも、私にとっては不可解なところです。

どのような原因が考えられるか、ご教授頂ければ幸いです。

以下に、ビルド時に表示されるログの全部を掲載します。

Information:Using javac 1.8.0_101 to compile java sources
Information:Android Resource Caching: Caching resources [google-play-services_lib]
Information:Android Resource Caching: [google-play-services_lib] Crunching PNG Files in source dir: D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\google-play-services_lib\res
Information:Android Resource Caching: [google-play-services_lib] To destination dir: C:\Users\sota\.AndroidStudio2.1\system\compile-server\shihonviewer_905f40b5\android\res_cache\google-play-services_lib
Information:Android Resource Caching: Caching resources [android-support-v7-appcompat]
Information:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] Crunching PNG Files in source dir: D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res
Information:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] To destination dir: C:\Users\sota\.AndroidStudio2.1\system\compile-server\shihonviewer_905f40b5\android\res_cache\android-support-v7-appcompat
Information:java: Errors occurred while compiling module 'ShihonViewer,android-support-v4-preferencefragment-master'
Information:Modules "android-support-v7-appcompat", "android-support-v4-preferencefragment-master", "ShihonViewer", "google-play-services_lib" were fully rebuilt due to project configuration/dependencies changes
Information:Some files were changed during the build. Additional compilation may be required.
Information:2016/08/29 22:05 - Compilation completed with 1 error and 51 warnings in 6s 884ms
Warning:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res\drawable-hdpi\abc_ab_share_pack_holo_dark.9.png: libpng warning: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited
Warning:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res\drawable-hdpi\abc_ab_share_pack_holo_light.9.png: libpng warning: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited
Warning:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res\drawable-hdpi\abc_spinner_mtrl_am_alpha.9.png: libpng warning: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited
Warning:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res\drawable-mdpi\abc_ab_share_pack_holo_dark.9.png: libpng warning: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited
Warning:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res\drawable-xhdpi\abc_ab_share_pack_holo_dark.9.png: libpng warning: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited
Warning:Android Resource Caching: [android-support-v7-appcompat] D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\android-support-v7-appcompat\res\drawable-xhdpi\abc_ab_share_pack_holo_light.9.png: libpng warning: iCCP: Not recognizing known sRGB profile that has been edited
C:\Users\sota\.AndroidStudio2.1\system\compile-server\shihonviewer_905f40b5\targets\java-production\android-support-v4-preferencefragment-master\android\copied_sources\android\support\v4\preferencefragment\R.java
Error:(10, 14) java: クラスandroid.support.v4.preferencefragment.Rが重複しています
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\MainActivity.java
Warning:(14, 24) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(764, 25) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\BarcodeActivity.java
Warning:(22, 24) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(23, 24) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(23, 31) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.AutoFocusCallbackは非推奨になりました
Warning:(24, 24) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(24, 31) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.CameraInfoは非推奨になりました
Warning:(25, 24) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(25, 31) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.PreviewCallbackは非推奨になりました
Warning:(45, 13) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(116, 37) java: android.view.SurfaceHolderのSURFACE_TYPE_PUSH_BUFFERSは非推奨になりました
Warning:(116, 15) java: android.view.SurfaceHolderのsetType(int)は非推奨になりました
Warning:(222, 13) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.AutoFocusCallbackは非推奨になりました
Warning:(222, 55) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.AutoFocusCallbackは非推奨になりました
Warning:(228, 50) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(245, 13) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.PreviewCallbackは非推奨になりました
Warning:(245, 51) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.PreviewCallbackは非推奨になりました
Warning:(251, 49) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(299, 27) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(346, 28) java: android.view.DisplayのgetWidth()は非推奨になりました
Warning:(347, 29) java: android.view.DisplayのgetHeight()は非推奨になりました
Warning:(362, 33) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(362, 39) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.Parametersは非推奨になりました
Warning:(368, 14) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(368, 20) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.Sizeは非推奨になりました
Warning:(383, 13) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(383, 19) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.Sizeは非推奨になりました
Warning:(392, 9) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(392, 15) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.Parametersは非推奨になりました
Warning:(398, 45) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(398, 51) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.Parametersは非推奨になりました
Warning:(399, 45) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(399, 51) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.Parametersは非推奨になりました
Warning:(415, 25) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(416, 9) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.CameraInfoは非推奨になりました
Warning:(416, 37) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.CameraInfoは非推奨になりました
Warning:(418, 13) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(419, 38) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.CameraInfoは非推奨になりました
Warning:(426, 17) java: android.hardwareのandroid.hardware.Cameraは非推奨になりました
Warning:(427, 42) java: android.hardware.Cameraのandroid.hardware.Camera.CameraInfoは非推奨になりました
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\DetailPageAdapter.java
Warning:(230, 74) java: android.content.res.ResourcesのgetDrawable(int)は非推奨になりました
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\SinglePictureLoader.java
Warning:(62, 44) java: android.content.res.ResourcesのgetDrawable(int)は非推奨になりました
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\BeepPlayer.java
Warning:(39, 22) java: android.media.SoundPoolのSoundPool(int,int,int)は非推奨になりました
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\SearchTask.java
Warning:(96, 47) java: android.content.res.ResourcesのgetDrawable(int)は非推奨になりました
D:\Home\Project\Android\ShihonViewer\ShihonViewer\src\jp\gr\java_conf\j_sota\shihonviewer\PictureLoader.java
Warning:(96, 44) java: android.content.res.ResourcesのgetDrawable(int)は非推奨になりました

重複しているとされる R.java は、以下のようなファイルです。

/* AUTO-GENERATED FILE.  DO NOT MODIFY.
 *
 * This class was automatically generated by the
 * aapt tool from the resource data it found.  It
 * should not be modified by hand.
 */

package android.support.v4.preferencefragment;

public final class R {
    public static final class attr {
    }
    public static final class dimen {
        /**  Preference fragment padding, bottom 
 Preference fragment padding, bottom 
         */
        public static int preference_fragment_padding_bottom=0x7f030000;
        /**  Preference fragment padding, sides 
 Preference fragment padding, sides 
 Preference fragment padding, sides 
         */
        public static int preference_fragment_padding_side=0x7f030001;
    }
    public static final class id {
        public static int back_button=0x7f060001;
        public static int button_bar=0x7f060000;
        public static int next_button=0x7f060003;
        public static int skip_button=0x7f060002;
    }
    public static final class integer {
        public static int preference_fragment_scrollbarStyle=0x7f040000;
    }
    public static final class layout {
        public static int preference_list_fragment=0x7f020000;
    }
    public static final class string {
        /**   Strings for possible PreferenceActivity Back/Next buttons 
         */
        public static int back_button_label=0x7f050000;
        public static int next_button_label=0x7f050001;
        /**  Optional button to Skip a PreferenceActivity [CHAR LIMIT=20] 
         */
        public static int skip_button_label=0x7f050002;
    }
}

以上よろしくお願いします。