RMarkdownでPDFファイルを作成しています。ggplot2で日本語を表示させたいのですが、RStudio上では表示できる図が、PDFに変換した場合にはエラーとなります。

data %>% select_("Q1.4", "Group") %>%
    ggplot(aes(factor(Q1.4), fill=factor(Group))) + geom_bar() +
    coord_flip() + theme_gray(base_family="YuGo-Medium") +
    scale_fill_hue(name = "Group") + labs(x="Choice") +
    scale_x_discrete(limits=c("NA",5,4,3,2,1),
        labels=c("NA", "全く思わない", "あまり思わない",
        "どちらとも思わない","やや思う","思う"))

このコードは、RStudio上では動作し、日本語を含む図が作成されます。しかし、PDFを作ろうとすると、

> rmarkdown::render('test.Rmd')
Quitting from lines 115-125 (test.Rmd)
 grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y,  でエラー:
   フォントタイプが不正です
 呼び出し:  <Anonymous> ... drawDetails -> drawDetails.text -> grid.Call.graphics
 追加情報:  50 件以上の警告がありました (最初の 50 個の警告を見るには warnings() を使って下さい)

となって、PDFファイルを作成できません。いくつかの解決法も試して見ましたが、同じエラーが発生しました。(１, ２)

RMarkdownの設定は、

---
title: 'Analysis'
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
 pdf_document:
  latex_engine: xelatex
  fig_width: 4.0
  fig_height: 2.8
  number_sections: true
  toc: true
  toc_depth: 2
graphics: yes
mainfont: YuMincho
---

Rについては以下の通りです。

> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin16.1.0 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.2

よろしくお願い致します。