目標は、既に作ってあるphpファイルにおいてタグの内容を差し替えるという事です。
インタネットに見つけた例通り作ったのに、元のファイルには変化がありません。

$doc = phpQuery::newDocumentFile("../".$filename); // こちらは問題なし、私の場合ファイルの名前はtest.phpです。
$title = $doc['title']; // 問題ありません、echo $title->text();は正常に表示してくれます
$title->text("content"); // 効果ありません
$doc->find('#test')->append('some content'); // 効果ありません

最後の行はIDだけ取り替えてこちらの例通りにしました。
コードを掲載致します。

index.php

<?php 
    require 'phpQuery0.9.5.php'; 
?>

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
    <title>phpQuery代入試験</title>
    <meta charset="UTF-8">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
</head>

<body>

<?php 

    $filename = 'test.php'; 
    echo "ファイル名:".$filename."<br />";

    $doc = phpQuery::newDocumentFile($filename);
    echo "ドキュメント内容: <br />".$doc."<hr />";

    $title = $doc['title'];
    echo "ページ見出し: ".$title->text()."<br />";

    $new_title = "成功";
    echo $new_title."に取り替えます";

    // 方法1
    $title->text($new_title);

    // 方法2
    $title = $doc->find('title');
    $title->text($new_title);   
?>

</body>
</html>

test.php

<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
    <title>こちらを差し替えましょう</title>
    <meta charset="UTF-8">
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0">
</head>

<body>
    <div id="test"> こちらを差し替えましょう </div>

</body>
</html>