現在こちらのサイトを参考に実装を行っているのですが、
「重大: フィルタ EncodeFilter の起動中の例外です （java.lang.ClassNotFoundException: filters. SetCharacterEncodingFilter）」というエラーが出力されてしまいます。

おそらくSetCharacterEncodingFilter.javaというファイルをfiltersフォルダに入れているのですが、それが今回のエラーの原因だと予想しています。

filterの設定は

<filter-name>EncodeFilter</filter-name>
    <filter-class>filters.SetCharacterEncodingFilter
    </filter-class>
    <init-param>
      <param-name>encoding</param-name>
      <param-value>Shift_JIS</param-value>
    </init-param>
  </filter>
  <filter-mapping>
    <filter-name>EncodeFilter</filter-name>
    <url-pattern>/*</url-pattern>
  </filter-mapping>

です。

参考にしているサイト通りに実装しているはずなので、原因が掴めません。
解決方法の分かる方がいましたら、ご教授をお願いします。

またhttp://サーバのIPアドレス:8080/によるtomcatの起動確認を出来ております。