動画素材投稿サイトを作ろうと考えていると、各ピクセルの色情報にアルファ値を持たせれば合成に便利なので欲しくなりました。

しかし私が知る限り mp4 など有名どころの圧縮済み動画フォーマットは透明ピクセルを扱えません (APNG とアニメーション GIF を除く)。非圧縮の AVI や Flash を使う FLV では透過情報を扱えるようですが、できれば圧縮されている汎用的なフォーマットであって欲しいです。

アルファ値を扱える圧縮動画フォーマットは知られているのでしょうか？　あるいは、透過情報があると何かしら圧縮や再生などに不都合があるのでしょうか。